De Raad van Bestuur van Kleine Herkauwers Vlaanderen bestaat uit maximaal 12 bestuurders waarvan maximaal 8 bestuurders voor onderafdeling Vleesschapen en maximaal 4 bestuurders voor onderafdeling Geiten en Melkschapen.
De Algemene Vergadering en daar uitvolgend de Raad van Bestuur wordt vierjaarlijks verkozen/hersamengesteld. Voor de huidige termijn 2018-2022 bestaat de Raad van Bestuur uit 12 stemgerechtigde leden.
De Raad van Bestuur verkoos in 2018 onder z’n leden de heer Frans Vanackere als voorzitter en de heer Jean Bollen als ondervoorzitter.
In de Raad van Bestuur zetelt naast de stemgerechtigde leden ook 2 niet stemgerechtigde leden, enerzijds een vertegenwoordiger van Vlaamse Overheid, op heden is dit Hanne Geenen van de Administratie, en anderzijds de secretaris van de vzw Kleine Herkauwers Vlaanderen, op heden Marc Lauwerysen.
De volgende verkiezing van de Raad van Bestuur vindt plaats in 2022, volgend op de samenstelling van de nieuwe Algemene Vergadering.
De Raad van Bestuur is verantwoordelijk voor de operationele werking van de vereniging en neemt de beslissingen die nodig zijn voor het uitvoeren van de taken van de vereniging. De Raad van Bestuur komt trimestrieel samen op uitnodiging van de voorzitter of op vraag van de leden van de Raad van Bestuur.